人類(lèi)文明進(jìn)入動(dòng)亂的時(shí)代，地球籠罩在戰(zhàn)火之下，各大主要城市相繼淪陷，人類(lèi)四散而逃，血流成河。雖然星野鐵郎（野沢雅子 配音）破壞了機(jī)械化星球，但是機(jī)器人與人類(lèi)的戰(zhàn)爭(zhēng)仍在繼續(xù)，并且人類(lèi)已經(jīng)到了生死存亡的危急時(shí)刻。正值緊要關(guān)頭，鐵郎得到來(lái)自梅蒂爾（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘銀河鐵道999號(hào)。在一眾戰(zhàn)友的幫助下，鐵郎穿過(guò)一道道火線(xiàn)，經(jīng)過(guò)幾番周折，終于登上了久違的銀河鐵道999號(hào)，重新開(kāi)始了一段漫長(zhǎng)、孤獨(dú)而又充滿(mǎn)驚險(xiǎn)的宇宙旅程……　　本片為《銀河鐵道999》第二部劇場(chǎng)版動(dòng)畫(huà)。