故事講述的是一群瘋狂的科學(xué)家，為了自己的夢想，研制出一套只需要少許基因便可復(fù)制出寶可夢的機(jī)器，并把發(fā)掘到的世界最強(qiáng)寶可夢復(fù)制成了擁有比夢幻更強(qiáng)能力的超夢。但當(dāng)超夢醒來后，卻因無法找尋到真正的自我而暴走。火箭隊(duì)的老大出現(xiàn)在超夢的面前，用花言巧語把迷失自我的超夢拉攏過來為自己辦事，但沒過多少時(shí)間，超夢再次對(duì)自我感到迷茫。超夢回到那個(gè)復(fù)制它的島嶼，決定開始它的復(fù)仇之戰(zhàn)。